Apple Pay-ի միջոցով կատարվող յուրաքանչյուր վճարում ապահով է, քանի որ այն վավերացվում է Face ID-ով, Touch ID-ով կամ սարքի գաղտնաբառով, ինչպես նաև մեկանգամյա չկրկնվող անվտանգության կոդով: Քարտը Apple Pay-ին կցելիս քարտի իրական համարը չի պահվում ոˊչ սարքում, ոˊչ էլ Apple-ի սերվերներում: Դրա փոխարեն սարքին շնորհվում է չկրկնվող հաշվի համար, որը գաղտնագրվում և պահվում է այդ սարքի «Անվտանգ տարր» (Secure Element) հավաստագրված չիպի մեջ, որը նախատեսված է վճարային տեղեկատվության անվտանգ պահպանման համար:
